首先來說說溫度的概念，溫度是表示物體冷熱程度的物理量，微觀上來講是物體分子熱運動的劇烈程度。因此溫度低物質熱運動就慢，而溫度高物質熱運動就劇烈，因此真空冷凍干燥采用的是低溫的干燥方法，物質的運動緩慢，因此效率就和溫度高比就低。而為了提高效率就必須提高溫度，因此凍干上溫度每升高一度，就意味著節省一大筆錢，而這個溫度升高的極限是有限制的，否則就變成了蒸發干燥了。溫度必須在升華階段保證低于制品的共熔點溫度或者塌陷溫度，否則就凍干失敗。

    溫度是表征，不能衡量其能量的多少，3度的物質的能量不一定有-40的能量高，因為溫度指示表征分子熱運動的劇烈程度，不能表征其能量的多少，衡量物質的能量用熱量，也就是與溫度有關，還跟熱容，物質的體積有關。熱量是指當系統狀態的改變來源于熱學平衡條件的破壞，也即來源于系統與外界間存在溫度差時，我們就稱系統與外界間存在熱學相互作用。作用的結果有能量從高溫物體傳遞給低溫物體，這時所傳遞的能量稱為熱量。而反過來說，存在熱量交換，就可能存在溫度變化，當這個熱量滿足其一定階段所需，超過了他的需要量就要引起溫度變化。也就是說升華是一個吸熱的過程，升華的熱量來源于傳導，對流和輻射，當這三個熱量的疊加超過升華所需要的熱量，溫度就會變化，也就是制品的溫度就會升高，而整個升華過程中，制品的溫度也是一直在升高的，這個升高的過程要控制，終在升華結束時不超過制品的共熔點溫度或者塌陷溫度，就是安全的。也就是整個過程中熱量的提供引起物質升華和升溫，而整個過程熱量的供給不能超過制品升華所學和溫升到制品的共熔點溫度以下所需。

    而對于凍干機內處于不同部位的制品的溫度是不同的，同一容器內，也就是同一瓶內不同位置溫度也是不同的，也是一直在變化的。一般位于凍干箱的四周也就是邊緣一圈到兩圈，制品的溫度是偏高的，高于中心位置的，因為位于邊緣的輻射熱多余位于中心的，凍干箱的三個壁和一個門都是熱源，是輻射熱，這個熱源的溫度與板層溫度差的越多，輻射熱越多。詳見板層樣品邊緣效應圖。

    板層的溫度和制品的溫度在凍干過程中也是按照一定的規律變化的。在預凍過程中板層溫度設置低溫，板層溫度逐步降低，降到設置溫度板層保溫。同時制品的溫度也是逐步降低，降到一定程度也是要保溫，保證箱內不同位置的溫度盡量趨于一致，減小溫度差。